内蒙古疾控中心坐落在呼和浩特市。占地总面积17000余㎡，建筑面积15600㎡，其中65%为实验室，20%为教育科研、宣传用房，15%为办公室。中心建有二级生物安全实验室4个，PCR实验室1个，有理化实验室和微生物实验室、艾滋病确认实验室、麻疹实验室、脊髓灰质炎实验室、传染病检测实验室、卫生毒理实验室、消毒杀虫实验室等。